净肽含量和肽纯度是不同的概念。净肽含量是肽相对于非肽、大多数平衡离子和水的百分比。典型地，即使在严格的冻干条件下，亲水性肽也吸收小分子的水。净肽含量从一个纯化和冻干步骤到下一个步骤变化，并且从一种盐类型到另一种盐类型变化很大。净肽含量可以通过氨基酸分析来确定。

肽的纯度通过使用HPLC测量靶肽中肽键的UV吸收来确定; 水和残留盐不通过UV检测器测量。主要杂质包括: 残留序列肽 (具有比目标肽少的一个或多个氨基酸残基的短肽) 、截短序列 (通过防止残留序列肽加帽的产生而产生的肽) 和不完全去保护的肽 (在合成或最终切割期间产生的肽)。

在使用肽的研究和开发中，应该选择多少纯度，使用更高纯度的肽更好吗？

一般来说，相同序列和数量的肽的价格会有所不同，因为它的纯度，纯度越高，每单位质量的肽的价格就越高。

我们可以提供不同的纯度等级供客户选择，从粗到> 98% 纯度。我们可以根据客户的需要提供纯度> 98% 的超纯肽。

不建议将粗肽用于生物实验。粗肽可能含有大量的非肽杂质，例如残留的有机溶剂、清除剂、TFA和其它不完全的肽，TFA不能被完全消除，并且肽通常作为TFA盐递送。如果残留的TFA干扰您的实验，我们建议其他盐形式，如乙酸盐和盐酸盐 (参见: 我们可以提供的盐类型的链接)。这些盐通常比常规TFA盐贵20 30% 以上。这是由于在转化过程中发生更多的肽损失并且需要更多的原料。
我们建议为各种程序提供以下级别的肽纯度:

对于筛选的肽序列，可以通过以下方式将它们筛选为更多的活性肽序列: 随机肽文库的多位点扫描，以及肽序列的优化。

单站点扫描矩阵的设计相对简单。肽的选定区域或位点被其他氨基酸系统地替换，并且这样的肽文库帮助研究人员发现在特定位置具有特定作用或活性的特定区域。

多位点扫描随机化肽文库是相对复杂的。该文库被设计为通过shot弹枪方法同时且随机地用20种天然氨基酸替换选定的氨基酸残基。肽文库在选择的氨基酸中构建尽可能多的突变。可以筛选具有增强活性的肽序列的此类文库。用该方法设计的肽库库规模大，筛选工作量大，文库规模为8,000序列，可同时进行三个位点筛选。使用peptidegoTM专有的组合化学策略，可以大大减少合成肽的数量和筛选工作量，并可以减少筛选工作量和肽生产成本，以800肽进行三地筛选。peptidegoTM专有的组合化学策略可以同时扫描更多的位点。

小分子活性肽作为疫苗、诊断试剂、药物和药物先导化合物已成为药物研究领域的新趋势。小分子活性肽的筛选方法有多种: 基于噬菌体展示肽库、随机合成肽库、反义肽库、蛋白质降解 (酶、化学) 、MHC-肽复合物、蛋白质结构和蛋白质结构预测。

噬菌体展示肽库筛选是一种比较成熟的筛选方法。通过3轮筛选，可以获得更理想的菌株，并通过DNA测序推断其表达的小分子肽序列，然后通过定向合成验证小分子肽的生物活性。缺点是文库的多样性容易受到多种因素的影响，得到的是亲和力较低的小分子肽。

随机肽库可根据客户需求合成，通常生产周期短，库容量大，含10个氨基酸的肽库库容量可达1012。通常，随机肽文库可以通过两种合成方法合成: 拆分和混合以及氨基酸预混合。通过拆分和混合方法获得的肽库具有更一致的不同序列的含量，并且每个树脂球仅包含一个肽。通过氨基酸预混合法获得的肽文库含有多种序列，这可能导致筛选失败。由于文库太大，因此筛选出的活性肽的结构表征是一项非常具有挑战性的任务。

反义肽库筛选，反义肽库是根据生物学原理设计的肽库，具有较高的筛选成功率，但需要确定目标蛋白关键区域的氨基酸序列。通常，可以使用生物信息学分析软件如clustalx通过比较分析来确定关键区域的氨基酸序列。确定氨基酸序列后，根据meker-idlis (m-i) 理论设计反义肽文库。此时，可以直接合成反义肽文库用于肽筛选，或通过软件 (Discovery Studio) 模拟获得容量较小的肽文库。这种筛选方法由于目标明确，文库容量小 (含10个氨基酸的文库容量仅为103个)，更容易筛选目标肽和确认结构。

筛选目标肽后，可以构建不同的肽库，以确认功能区并筛选更多的活性肽。